支店設立のメリットとして、開業当初に損失が出た場合、日本本社の課税所得と相殺し、節税効果が期待できます。また本社経費のうち支店の活動に関係のあるものについて支店に配賦し、マレーシアの課税所得から控除できます。 （但し、無条件に損金性が認められるわけではなく、支店の活動に関係あるか問われます。また、移転価格が適正であることが前提となります。） なお、デメリットとして、支店の税務調査が本社まで及ぶ可能性があり、本社の帳簿・証憑書類等の提出を求められることがあります。また卸売業及び小売業では所得を生む活動は認められません。
