資本金が3分の1になってしまった場合、問題となるのは会社の存続（会社法）での問題になります。

そのため、債務超過に関してSATから行政指導が入ることはほとんどないかと考えております。

ただし、過小資本税制という税務上不利になる場合がありますので、ご留意いただければと存じます。

【参考ブログ】

メキシコ過小資本税制について

https://kuno-cpa.co.jp/mexico_blog/thin-capitalization-taxation/

メキシコにおける過小資本税制の計算方法について

https://kuno-cpa.co.jp/mexico_blog/calculation-method/

また、会社法では資本金が3分の1になったは解散事由として定められ、第三者から解散を命じられる可能性があります。（会社法229条）

実際に日系企業が解散を第三者から命じられる事例は少ないですが、支払いのサポートを宣言するサポートレターを準備しておくことで解散を回避することができると考えられます。