借入金の資本化は通常デッドイクイティスワップ(DES)と呼ばれる手続きにて行われます。
今回のケースを見ていると、実質DESとして処理をしているとみなされる可能性が高いです。また、この場合、税務調査の際に借入金の相殺を収益としてみなされたケースもございます。
本来、DESをする場合は回覧決議書にて株主総会の同意がないと実行できないため、もし増資の目的が借入の返済である場合は、あらかじめDESを行うという決議で進めることをお勧めします。