結論から申し上げますと、日本に帰国した際の健康診断費用は、経費処理はできますが、損金としては認められないかと存じます。

理由といたしましては、従業員のための費用が他の従業員にも平等に与えられているか判断できないためです。

IMSSにて無料で健康診断を受けられるというのは事実です。

仮に他の従業員もIMSS以外で健康診断を受ける権利（会社のルール等）があるのであれば、個人の健康診断費用も損金として認められるかと存じます。

ただし、そうではなく特定の従業員にのみ支払われている費用の場合には、損金として認められません。
 

ポイントは、“全従業員に対して同じ権利が与えられているかどうか” 。

“全従業員に対して同じ権利が与えられているかどうか”は、就業規則等に「会社は全従業員に対して、IMSS以外の病院で健康診断を受けた費用を払う」と記載があるかどうかで判断されます。

就業規則等に「会社は全従業員に対して、IMSS以外の病院で健康診断を受けた費用を払う」ある場合、他の従業員の方がIMSS以外の病院で健康診断を受けていなかったとしても、個人の費用は損金として算入することが出来ます。