今回のケースでは、①インドネシアから物品を輸出して、②日本の関連会社に対して売上が発生することから、

以下の2点についてご留意いただければと思います。

①インドネシアからの物品の輸出について

⇒輸出先の国・地域を問わず、インドネシアから物品を輸出する際にはPEB（輸出申告書）が必要です。

仮にPEBを取得していない場合は、税務上インドネシア国内取引と同等に扱われてVAT（11%）が課税されます。

②日本の関連会社に対する売上について

⇒インドネシアでは関連者間取引が一定の額を超える場合は移転価格文書の作成が必要となります。

最近の税務調査の傾向として、関連者間取引の売上が少なすぎると指摘が入ることが多くなっております。

そのため、いざという時に税務署に反論が出来るように移転価格文書などを用意しておくと良いかと思います。

下記、移転価格文書の作成要件になります。
いずれかひとつでも当てはまる場合は移転価格文書の作成が必要です。

1. 関連者間取引を行っており、前年度の総売上が500億ルピア (約4億7千万円)を超える場合

※この場合、関連者間取引の金額は問いません
　または
2. 有形資産の関連者間取引（原材料や物品の売買など）金額が200億ルピア（約1億9千万円）を超える場合
　または
3. 無形資産の関連者間取引（利子、ロイヤルティ、サービスなど）金額が50億ルピア（約5千万円）を超える場合