会社としては、会計年度の変更がトリガーとなり、税務調査が入る可能性があります。
また、税務調査の結果、追徴課税及びペナルティが発生する恐れはあります。
なお、税務調査は過去直近5年分入られる可能性があります。
一方で、従業員への不利益は特にないかと思います。