従業員が退職する際の大まかな手続きフローは以下です。

①事前通知期間の確認
就業規則にて、退職する際の事前通知期間を確認します。

②有給の残り日数の確認
有給日数が残っている場合は買い取る、もしくは、在籍中に使いきってもらうか、どちらかです。
後者の場合の留意点では以下のようなものです。
例えば、退職日が30日、残り5日分有給が残っていた場合、30日を起点とした連続する5出勤日で有給を消化してもらう形が推奨されます。
つまり、15日、16日、20日、22日、24日といった具合に消化ということは、避けるのが賢明です。

③意思確認のためのミーティング
こちらは強制ではありませんが、推奨されるものです。
退職理由などを明確にする目的で行われます。

④税務署への通知
以下のサイトにて行います。
https://mytax.hasil.gov.my/

⑤Acceptance of Resignation Letterの作成 (退職することを認める旨が書かれた書類）
上記書類に自社と退職される方、双方の署名を行い完了です。