運輸省の管轄下には、7ヵ所の主要な連邦国際港があります。6つの港は半島マレーシアにあり、クラン港、ペナン港、パシル・グダンのジョホール港、タンジュン・プラパス港、クアンタン港、ケママン港で、もう一つの港はサラワクにあるビンツル港です。

　ビンツル港は国内初の液化天然ガス用の港です。また、ケママン港は石油会社の様々な物資に対するニーズを満たす供給基地となっています。
クラン港はマレーシアの貨物集積・配送センターとなっています。他のマレーシアの港から来た貨物がクラン港に集約されフィーダー港としての役割を果たしています。

　すべての港には近代的な施設や設備があり、コンテナ貨物やドライバルク貨物などを含むあらゆる種類の貨物輸送やその関連活動を円滑にしています。

　港湾に関する政府の政策として、船の混雑と待ち時間をなくすため十分な取り扱い能力を港湾に備えるべく、処理能力の強化を行っています。
　

　またマレーシアの南部地域における、積み替えハブとしてのタンジュン・プラパス港の開発にも力を入れています。