カンボジアの内陸水運のネットワークはメコン川とその支流、トンレサップ川、バサック川から構成されています。 雨季においては全長約1,750kmですが、乾季には船が通行できる距離は全長約580kmに減少します。 河川港で物流を支える主な港はプノンペン港です。 プノンペン港は、カンボジアとベトナム国境のカアムサムナー(Kaam Samnar)から100km、南シナ海への出口であるチュウテイアウ(Cuu Tieu)から332kmに位置しています。この港は、プノンペンとベトナム・ホーチミン市を結ぶ役割を担っています。 その他に内陸河川沿いの主な港は、以下の6港があります。 スタントレン(Stung Treng) 港 : クラティエ港から1,280キロのメコン上流 クラティエ(Kratie)港 : コンポンチャム港から121キロのメコン上流 トンレベト(Tonle Bet Port)港 : コンポンチャム州、プノンペンから106キロのメコン上流 ニークロアン(Neak Loeang)港 : プリベン州、プノンペンから60キロのメコン下流 コンクニアス(Chong Khneas)港 : シェムリアップ州、プサール・クロム港から190キロのトンレサップ川上流 プサール・クロム(Phsar Krom)港 : プノンペンから100キロのトンレサップ川上流 2009年にベトナムでカイメップ・ティバイ港が整備され、それ以降、プノンペン港を使用する貨物も増えています。 また、2013年に中国の支援によってプノンペン新港が開港されました。プノンペン新港からは、ベトナムのホーチミン市もしくはその郊外にある港湾に運ばれます。 カンボジアに存在する唯一の外港であるシハヌークビル港は1960年に建設された港湾で、プノンペンと国道４号線で結ばれており、カンボジア唯一の深海港です。｝ シハヌークビル港湾公社が管理・運営をしており、2007年以降は日本の円借款によって整備がされています。 シンガポールやホーチミン市を経由して、週14便の定期便が他国とカンボジアをつないでいます。 取扱量は年々増加しており、コンテナでの輸出入、燃料の輸入が多くなっています。 シハヌークビル港以外にも、スレアンベル港、カンポット港、オクニャモン港等の小規模な港が存在しています。 特にオクニャモン港は一般貨物を頻繁に取り扱っています。その他、プリ・シハヌーク州のスタンハブでの国際港、ケップ洲での観光港計画などがあります。
