まず、タイ現地法人の事業内容にもよりますが、タイ法人が当該売上を計上することができる(原則タイ法人)
かつ、日本の出向元企業が当該売上に寄与していることを契約書等で証明する必要があるかと考えられます。
契約書等で日本側の貢献内容が確認とればロイヤリティの支払い自体は問題ないかと存じます。
(出向者の活動によるロイヤリティとしての内容ではなく、出向元が顧客紹介をした、販売促進活動を行ったなどの文言が望ましいかと存じます)
なお、源泉徴収税が発生するため、日本側は請求額から源泉徴収税15%控除された額を受け取り、タイ側は当該源泉所得分を申告・納付する必要があります。