金額により、経済補償金にも個人所得税が発生します。

財税[2001]157号、国税発[1999]178号の関連規定で以下のように処理されます。
①当地の前年の平均賃金の3倍を超える部分は、課税対象となる。
②担税力を考慮して、超過部分を勤務年数で除した額を以って税額計算できる。
勤務年数が12年を超える場合は12年とする。

すなわち、当地の前年平均賃金の3倍以内であれば個人所得税は免税となり、
3倍部分を控除し、かつ社会保険料を控除した部分は課税されることとなります。

ただし、以下の場合、会社側には経済補償金の支払義務は生じません。
①試用期間中に採用条件を満たしていないことが証明された場合
②使用者の規則制度に著しく違反した場合
③重大な職務怠慢または私利のために不正を行い、使用者に重大な損害を与えた場合
④労働者が同時にその他の使用者と労働関係を構築し、
本使用者の業務の完成に重大な影響を与えた場合または使用者が異議を申し立てた後も是正を拒否した場合
⑤労働者が詐欺、脅迫の手段を用いて、または使用者の弱みにつけ込み、
使用者の意思に反する状況において労働契約を締結または変更し、当該労働契約が無効になった場合
⑥法により刑事責任を追及された場合
⑦労働者が労働契約の締結を拒否した場合