端的に申し上げると、会社が提供する福利厚生費と手当は、一部例外を除いてすべて課税対象となります。
例外として挙げられるのは、住宅手当てと交通手当てです。
住宅手当においては、会社所有の社宅に従業員が居住する場合、あるいは、会社が直接貸主に賃貸料を払う場合に限り、非課税となります。
交通手当(出張も含む)においては、実際にかかった費用を支給する(経費精算する)場合は非課税となります。 翻って、どちらの場合においても、会社が毎月決まった金額を支給しているといった場合は、個人の収入と見做され課税対象となります。