結論としては「両面印刷でも問題はないが、実務上は片面印刷とするケースが多い」という回答になります。
両面印刷であるために法的効力がなくなるということは基本的にはありません。
その場合、割り印は片面（正面）のみで問題ありません。
ただし、実務上は片面印刷が多いため、混乱を防ぐように特にこだわりが無ければ片面印刷としておくのが良いかと存じます。
