一般的に、会社設立前の費用については、日本側で負担、会社設立後の費用についてはフィリピン側で負担というケースが多いですが、設立当初フィリピン子会社で赤字が続くような場合に、日本側で費用を負担してしまうケースがあります。

メーカー等が製造子会社を立ち上げた際に、設立当初のサポート業務を無償で子会社に対して行うようなケースもあります。

本来、日本で負担すべきでない（フィリピン側で負担すべき）費用を日本で負担した場合には、日本側において「寄付金課税」のリスクが発生します。

当該リスクに備えるためには、役務提供についてはしっかりと契約書を作成して、費用負担について一定の合理的な基準を設け、その基準に沿って各法人で負担させるといった規則正しい処理が効果的です。

ただし、当該取引についても関係会社間での取引であれば、前述の「移転価格税制」の対象取引となり、日本とフィリピンそれぞれにおいて費用負担の妥当性が問われることになります。

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