通常、フィリピンには毎月の源泉徴収税（WHT）や付加価値税（VAT）の申告・納付が必要になり、その申告・納付を適切に行っている場合のみ、法人税からの損金算入が可能になります。

しかし、設立途中（BIR登録前）で会計年度末を迎える場合、BIRへの申告・納付はできません。

そのため、当該取引を損金算入してしまう場合、将来万が一、税務調査にあった時に、適切に申告・納付を行っていなかったがために、追徴金の支払いを求められる可能性があるので、設立途中の必要費用については、本社にて費用処理されるのが宜しいかと思いますが、フィリピン現地法人でどうしても費用処理する場合には、遅延申告に対するペナルティは生じるかと思いますが、BIR登録後に申告・納付を行い、費用処理（損金算入）されるのが宜しいかと存じます。

BIRの税務調査は、BIR権限で3年分の財務諸表を調査する権限を有しているため、設立後3年目以降の会社に対して行われます。（3年の間に不正などが発覚した場合には、過去10年分に遡って財務諸表を確認する権限を有しています）

設立後の会社では、オフィスの賃貸契約書や各役所からの資料等、保管するべき資料、オフィスに掲示しておかなければいけない資料など多数存在しますが、一つ一つの資料の保管を適切に行い、将来のリスクを未然に回避することも必要になります。特に、最近は日系企業に対する税務調査が頻繁に生じていますので、事前にお気をつけ頂ければと思います。

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